本片改编自花泽健吾的同名漫画，讲述了曾经辉煌一时的日本忍者，在战后被GHQ解散组织而消失，不过，他们潜伏在世界的所有机关，现代也暗中活动着，据说人数约为20万人。但基层忍者经常找不到工作，其中之一的云隐九郎（山崎贤人 饰）隶属忍者组织“NIN”的末端忍者（下忍），过着与啃老族无异的生活。一天，闲得发慌的他被判了一项重大的“忍务”，那就是调查战后70多年来一直潜入地下的某个组织的动向，其名为——“地下忍者”。忍术、智谋、最新科技等驱使了一切，从未有过的战斗现在开始。
15年前，来弗里家族的一个婴儿被绑架，坏人莱芬韦尔用假的婴孩乔亚顶替冒充，来获取来弗里家族的遗产。多年后当他终于鼓起勇气对她的“姐姐”露丝说出实情时，她非常愤怒。为了赎罪，他出发去寻找这个真正的孩子。
一个腐败的将军计划从他控制的香蕉共和国走私100万美元。当地的起义者计划偷钱，但当与他们合作的土匪头子把他们搞得两败俱伤，他们遭到了挫败。一个强硬的警察和她的男朋友帮助两名女性起义者逃出监狱，希望他们能找到走私的现金。
