2048年，灵云系统作为“智能脑大众化应用”的首例，在蜃泉市城市范围内试用。当日灵云系统发布会的事故引发了其创始人周童，赵飞白以及儿时挚友阿依古丽，艾孜买提之间的理念情感纠葛。为达成自己的目的，周童将赵飞白，阿依古丽和艾孜买提的“脑意识”被封闭在灵云系统内的沙盒空间，却无意间触发了系统的“初始智能AI”------露可可的启动。一切皆联系于当年四人记忆中的“印迹”游戏，一场以“人心羁绊”为代码的智能危机在现实和虚拟世界之间展开
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
