明朝天启年间,左都御史杨涟因得罪魏忠贤含冤入狱,魏忠贤授意东厂及锦衣卫秘密将杨家灭门,徐长卿受王冬青所托秘密救援杨涟孙女杨紫萱,长卿舍身护送紫萱从应山府逃到龙泉村同仁医馆投靠刘谦,刘谦感念恩师杨涟恩情,将紫萱收作关门弟子细心照顾并传授其医学知识,此后几个人将医馆生意打理的井井有条,没想到却引来同行郎中吴南星的嫉妒,最后惊动魏忠贤党羽,魏忠贤得知杨紫萱踪迹派出多批杀手奔医馆而来,只为将杨家孤女紫萱和账本(杨涟所留魏忠贤通敌)一同斩草除根……江湖风云又起。
公元一六四三年,满清入关取缔政权,为求控制大局,严禁士子结社集会,不许百姓练武,到处搜捕武林高手,反抗者格杀勿论,令天下大乱。隐居天山山脉一带的剑术高手傅青主、张煌言、武元英往寻天山名宿晦明禅师商议拯救中原。晦明禅师得知天下黎民受清軍铁蹄蹂躏,遂派杨云骢、辛龙子、楚昭南及穆郎,四徒,连同三侠,七剑下天山!七剑侠下山会合民间庞大组织的正义力量“天地会”,四处和清兵对抗。一次因行踪败露,七剑被迫分道扬镳……