在意大利做服务员的艾德里安返回家乡探望家人。他却发现妻子莫妮卡性情大变，儿子卢卡的成长超出了他的预料。他们花了一晚上的时间试图找回以前的感觉。分开的这段时间让两人之间生出了不信任和困惑，但也给了他们重新开始的机会。
影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部 巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。
富绅董怀古生有一子四女：长子孟达，长女宝珠，次女静珠，三女丽珠，四女雪珠。二十年后董家已外强中干。孟达成为一个无赖；宝珠嫁一小官，自己成日赌博；静珠嫁了商人，生子体弱，便终日念佛，对善事却一毛不拔；丽珠嫁了小职员，爱慕虚荣，其夫苦不堪言；雪珠则与姑母办托儿所，为社会服务。怀古六十大寿，因董家曾向富豪杜家借款，孟达便对富豪之子杜豪百般巴结，甚至想法让其轻薄雪珠，幸亏雪珠机警小惩杜豪，寿宴不欢而散……
