清康熙二年，八旗总教头高雄（高雄 饰）因触犯满汉通婚之法，被肃亲王指使蝙蝠法师（袁信义 饰）截杀，危急关头高雄绑架肃亲王的小贝勒出逃，岂料他意外将小贝勒勒死……十四年后，江湖上有“奇门”（梁家仁 饰）和“遁甲”（袁祥仁 饰）的师兄妹法力高强，虽然他们为人古怪但却不时造福一方，在奇门遁甲生活的镇上，就潜藏着隐姓埋名多年的高雄，高雄当年拾到一个孤儿“树根”（袁日初 饰），尽心尽力将其抚养成人。不久高雄身份暴露，蝙蝠法师再度追杀，并计划将树根伪装成昔日失踪的小贝勒，以便令自己控制朝廷。高雄力战蝙蝠法师身死，树根只得向奇门遁甲二人求助，随引发连场不可思议的法术对决……
绝无神（任达华 饰）及其子绝心（谢霆锋 饰），投毒暗算中原武林，无名（何家劲 饰）、步惊云（郭富城 饰）成阶下囚。聂风（郑伊健 饰）闻讯赶到，与步惊云联手攻击，均遭重创。无名单挑绝无神，使用万剑归宗也无济于事。为破强敌，聂风、步惊云、楚楚（唐嫣饰）一起来拜谒魔道高人，但直到第二梦（蔡卓妍 饰）出现，才引得高人现身，但他双臂已断，功力也大不如前。为了破敌，聂风愿身堕魔戒，增强功力。而步惊云则师从无名，创建了新派剑道。此时，绝无神生擒了中州皇帝（谭耀文 饰）来到凌云窟。绝心用残酷逼皇帝说出龙骨所在。千钧一发之际，风云先后赶到，一场江湖对决，由此展开……
