故事发生在《少年歌行》故事的二十年前，后来成为天下第一的百里东君彼时还是镇西侯府中集万千宠爱于一身的独孙。他虽然有个功夫绝世的父亲和身为温家家主之女的母亲，却不好习武、偏好酿酒。十载之后就能酿出酒中绝品，最后偷了家中的一张地契，跑了几百里来到了柴桑城开酒肆。可一条长街， 却已住满了煞星。只有他，真的是一个认真酿酒的小少年。他因此莫名地卷入了两大家族的纷争当中，在途中意外结识了流浪江湖无父无母的浪客司空长风，和从天启城奔赴而来的灼墨公子雷梦杀，因为感激对方的救命之恩，他决定帮助雷梦杀救出他的好兄弟——被困在自己府内的凌云公子顾剑门……这是一个少年英才辈出的时代，再也没有一个时代能超越它。后来成为儒剑仙的谢宣，怒剑仙的颜战天，孤剑仙的洛青阳等，此时都还寂寥无名，他们在等待彼此相遇的那一天，然后，名扬天下。
由于阿笠博士家的浴室出了故障，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去大众浴池洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜（深见梨加 配音）和神秘杀手近藤（香川照之 配音）将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严重车祸。娜娜所属的某个犯罪团伙似乎打算利用制造一起炸弹恐怖袭击。与此同时，供职于某杂志的编辑水岛早苗（广末凉子 配音）怀疑丈夫近藤有外遇，而找到毛利小五郎调查丈夫的行踪。时间流逝，险恶的阴谋浮出水面…… 本片为《名侦探柯南》漫画连载二十周年的特别企划，编剧请到《盗钥匙的方法》的导演/编剧内田贤治担纲，香川照之、广末凉子受邀为《盗》中自己的角色再度配音。
