Weir博士重获新生，McKay博士试图拯救遭受复制者攻击后早已成千疮百孔的亚特兰蒂斯。可供使用的能源仅可维持24小时，又无法使用星际之门，亚特兰蒂斯小队能否再次战胜世界末日......McKay与Sheppard计划从复制者的手中夺回ZPM。而与此同时，Samantha Carter会同Apollo正在找寻传说中遗失的城市--亚特兰蒂斯。McKay他们的计划能否成功?Carter能否找到遗失城市的所在?
暗藏惊天秘密的一家人在马德里重新开始。在那里，新的人际关系使他们的计划变得复杂，而这家人也开始遭受往事的困扰。
伊莉莎白还未伤愈，就直接投入了新的任务，但进行的并不顺利。她和菲利普因此卷入了更麻烦的处境。女儿佩吉对父母的身份越来越有怀疑。同时，斯坦已经完全沉迷在与俄罗斯女特工的感情中，无法自拔，以致被对方玩弄于鼓掌之间。
本季时间设定将往后来到1990年代，从麦当娜的《Vogue》发行的那一天开始，继续纽约城voguing的故事，“舞厅”群体走入流行文化和主流，Evangelista之家也必须重新评估自己的目标。第2季也将更多涉及第1季笼罩的阴云：HIV/艾滋，将更多看到病魔带来的后果，以及相应的医疗，以及作为黑人和拉丁裔无法得到相应治疗，意味着什么。
