一次偶然中，灰姑娘艾拉（Cassandra Morris 配音）得到了前往王宫，参加王子艾利克斯（Chris Niosi 配音）所举办的宴会的机会，可是会场上，聪敏的艾拉很快就发现眼前的王子是个冒牌货。经过一番缜密的调查，艾拉终于发现了真相，原来真正的王子早已经被邪恶的女巫（温迪·李 Wendee Lee 配音）变成了一只老鼠，而女巫真正的目的，是夺得掌控这个国家的权利。 为了化解女巫的阴谋，艾拉在魔仙学徒莉莉（Kristen Day 配音）的帮助下踏上了拯救王子的旅途。艾拉凭借着自己的勇气和智慧，以及莉莉的半吊子魔法，破解了女巫设下的一个又一个难题。时间一分一秒的流逝着，每过一分钟，王子和这个国家就将离危险更近一步。
童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣 配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。 本剧场版从面码已经在五个伙伴的帮助下“成佛”讲起，在面码完成心愿消失一年后，仁太他们五人重聚，各自给面码写信，回忆去年夏天发生在“超和平Busters”六人身上的奇迹。
所谓“炼金术”，即通过不同组合产生“金”的技术。人工孕育“生物”的尝试亦作为神秘研究之一，种种实验将在不为人知的现代为舞台展开故事。本故事的关键在于纠合了炼金术中最高技术的产物“人工生命体（怪物）Chemy”，作为被保管在名为“Ride Chemy Card”的卡牌之中的101个生命体，Chemy为模仿蚱蜢、SL（蒸汽火车）等世上存在的万物所制造。 但是，本应被慎重保管着的它们却突然从卡牌中冒出，一齐遭到释放。偶然被卷入该事件的主人公为高中生 · 一之濑宝太郎，被托付了假面骑士Gotchard的变身腰带“Gotchar驱动器”，与回收散落于世间的Chemy的使命。
