一名轻度自闭的航天工程师罗伊，他的父亲在20年前离开地球前往海王星，寻找外星智慧生物。不料任务失败，有去无回。而罗伊此次也要飞越太阳系，找到父亲，并查清当年失败的原因。
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林肯（伊万•麦克格雷格 Ewan McGregor饰）和乔丹（斯嘉丽•约翰逊 Scarlett Johansson饰）以为他们生活在一个与世隔绝的社区里。据科学家说，他们是地球最后一批存活的人类。而在他们这个群体里面，将会抽签决定人选，派去一个世外桃源的小岛上面生活。然 而在没选中之前，他们得忍受没有自由、备受监管的生活。 当林肯和乔丹“幸运”当选后，他们却发现了一个惊人的秘密——原来所谓的世外桃源岛根本不存在，而他们本身，也只是岛上居民克隆版本；他们前往小岛，迎接来的不是美丽生活，而是掏出他们的鲜活的器官，用以拯救人类。而林肯亲眼目睹了他的朋友，如何在手术刀下被解剖。 于是，林肯毅然决定和女友乔丹，踏上逃亡之路……
2017年，母星遭到毁灭的外星流亡者入侵地球。人类虽然用核武器打败对手，但也付出失去家园的惨痛代价。在接下来将近半个世纪的时光中，人类移民泰坦星（土卫六），不过仍有极少部分人类留在故土，扫荡残存的外星掠夺者。杰克·哈珀（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）与维多利亚（安德丽亚·瑞斯波罗格 Andrea Riseborough 饰）即是留守者中的一员，他们的主要任务为保障遍布各地守护水萃取塔的无人机正常运行。看似永无止境的任务终于接近尾声，而就在此刻，不明飞行器坠落一处无人区。杰克在当地发现数名人类伤员，可是他们却遭到无人机的屠杀。危急时刻，杰克救下了一个名为茱莉亚（欧嘉·柯瑞兰寇 Olga Kurylenko 饰）的女子。
最近，在曼哈顿发生了一连串的离奇死亡事件，而这些事件的主要责任竟要归结到一对对此毫不知情的昆虫学家夫妇苏珊（米拉·索维诺 Mira Sorvino 饰）和皮特（杰瑞米·诺森 Jeremy Northam 饰）的身上。 原来，为了抵抗曾经在曼哈顿肆虐的疫情，苏珊和皮特创造出了一种名为“犹大”的昆虫，这种人造昆虫没有繁殖的能力，却能够消灭病毒的携带体蟑螂。令两夫妇没有想到的是，在犹大的体内发生了未知的变异，使得它不仅拥有了繁殖后代的能力，甚至可以化身成人类的模样进行狩猎，而它们的猎物不是别人，正是人类本身。作为犹大的“父母”，苏珊和皮特义不容辞的担负起了消灭它们的责任，在地铁系统专家雷纳德（查尔斯·达顿 Charles S. Dutton 饰）的帮助下，一行人向着犹大在地下的老巢进发了。
