四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
本剧讲述了五位量子战队少年卢修、凯拉、杰名、欧泽、齐嘟嘟通过量子隧道穿梭在地球和恐龙世界，接受挑战，守护恐龙和维护两个世界的秩序的故事。他们面临的对手是企图控制两个世界的司徒影和他新的手下威烈团队。幸好，紫露改邪归正，与量子战队并肩作战，全力帮助他们阻止司徒影获取控制两个世界的量子核心。量子战队依然通过神秘的量子力和各种高科技的任务装备，奋力保护着恐龙等野生动物，也奋力保护着两个美丽的世界。
